バーニーズマウンテンドッグにとって「股関節形成不全」及び「肘関節形成不全」は最もポピュラーな遺伝性疾患です。これは今日遺伝学的にその発生率を減少させることが可能だと考えられています。遺伝性疾患とはその名のとおり先祖から子孫へ遺伝する疾患です。遺伝の形式は様々ですが、原因となる遺伝子が解読されている疾患はほとんどないため、遺伝性疾患を減らすには疾患の発症のない個体同士を交配させていくことが重要となります。しかし、遺伝性疾患には厄介なことに、その本犬に疾患の発症がなくても遺伝性の素因を持っていて、子孫への疾患の運び屋になってしまうものが存在します。そのため、素因を持つ個体も交配させる際に除外していかないと遺伝性疾患を減らしていくのは困難です。遺伝性疾患の多くは、その個体がブリーダーからオーナーの皆様の手に渡った後でないと診断することが出来ません。このことは、遺伝性疾患を減らしていく上で大きな意味合いを持ちます。

遺伝性疾患を減らしていくためには、両親、祖父母の情報はもちろんのこと、兄弟や近親系の情報が大変重要となります。遺伝性疾患を減らしていくには、一つ一つの疾患に対し、全ての個体（ブリーダーが交配に使用するべき個体及び交配に使用するべきでない個体）を検査し、その情報を使って疾患の発生のない、あるいは少ない血統を選んで交配させる必要があります。しかしながら、ほとんどの犬が検査を行なう時期にブリーダーからオーナーの手に渡ってしまっているため、オーナーの皆様に、この検査及び登録を行なっていただく必要があります。多くの方々の協力のもとに登録数が増えていけば、個体の先祖、子孫、兄弟などの近親のものの遺伝性疾患についての情報が得られるようになり、遺伝性疾患を減らすための大きな力となります。

山梨八ヶ岳バーニーズマウンテンドッグクラブでは、「遺伝性疾患発生率減少プロジェクト」を推進しています。前述の内容からもご理解いただけるとおりこのプロジェクトは、犬種の繁殖に携わるブリーダーのみの課題ではありません。犬種の健全性における重要な問題を改善するために全てのバーニーズマウンテンドッグオーナーの皆様に取り組んでいただく必要がある重要なプロジェクトとなります。イベントやセミナーにてこの「遺伝性疾患発生率減少プロジェクト」の推進についての啓蒙活動に取り組んでいます。